Balkan Ninnisi, Üsküp'te farklı milletlerden olan iki gencin sevdaları uğruna verdikleri mücadelenin hikayesini konu alıyor. Dizi, önceden hayatları kesişen ve tarihi bir konakta buluşan Türk ve Makedon aileler ile birbirlerini çok seven iki gencin yaşamlarından kesitleri anlatacak.