Mars. 2071. Cadılar Bayramı'ndan günler önce, Villain'lar Otoyol 1'de bir tankeri havaya uçururlar. Ve yüzlerce insar öldürecek güçte bir virüs ortaya yayılır. Daha büyük ve yıkıcı yeni bir biyokimyasal saldırının korkusuyla, bu yıkımın arkasındaki insanı yakalayan ve tutuklayanlar için astronomik bir ödül konur. Bu arada uzay gemisindeki "Bebop", Spike Spiegel ve para avcılarından oluşan mürettebatı (Jet Black, Faye Valentine, Ed ve Ein) sıkılmışlardır ve paraları tükenmiştir. Ancak ödülün haberi gelir gelmez her şey değişir. Çok popüler bir TV dizisi olan "Cowboy Bebop"tan sonra Spike ve Ortakları ilk uzun metrajlı filmlerinde şimdiye kadarki en ölümcül düşmanlarıyla karşılaşırlar. Gözlerinizi kamaştıracak, sanat harikası bir animasyon ve aksiyon dolu bir bilim kurgu macerası olan Cowboy Bebop: The Movie nefesinizi kesecek.